У организационом смислу ЈКП Дирекција за јавни превоз Града Ниша је јединствена целина, а Правилником о унутрашњој организацији и систематизацији послова у ЈКП Дирекција за јавни превоз Града Ниша, уређена је организација, управљање и руковођење пословањем предузећа.
Ради успешног обављања делатности предузећа, боље и ефикасније организације рада, а у зависности од врсте и карактера послова који се извршавају, предузеће је организовано по секторима и службама. Организациона шема предузећа приказана је на слици.